Imperium Księżyca stoi w obliczu wielu zagrożeń. Szczelina otworzyła się ponownie, dając przejście stworzeniom, które od tysiącleci czaiły się w Cieniu. Ale niebezpieczeństwo nadchodzi również od wewnątrz, gdyż Cesarz, syn Księżyca, się starzeje, a jego niegdyś lojalni lordowie próbują teraz przejąć władzę. Aby to osiągnąć, odwołują się do wojowników znanych jako ninja, adeptów drogi Shinobi. Klany są wreszcie gotowe do wojny!

Jako żądny władzy lord, w grze Shinobi WAT-AAH! planujesz posadzić swoje szanowne cztery litery na cesarskim tronie. W tym celu odwołasz się do wielkich klanów ninja, które pozwolą ci narzucić twoją militarną siłę wrogom. Mówiąc prościej, twoim celem jest wymierzenie przeciwnikom potężnego WAT-AAH! prosto w twarz!