In Potion Explosion 2ª Edizione, i giocatori vestono i panni di studenti che cercano di superare l'esame finale dell'anno. Per farlo, dovranno creare pozioni estraendo biglie dal nuovo dispenser in plastica. Queste rappresentano gli ingredienti nelle varie ricette delle pozioni. Quando una biglia viene prelevata, le restanti scivolano lungo la rampa. Se due biglie dello stesso colore si toccano, avviene un'esplosione e il giocatore può prendere anche quelle! Più esplosioni significano più biglie e una preparazione delle pozioni più rapida. Ogni pozione completata conferisce inoltre un'abilità speciale quando viene bevuta. Alla fine della partita, il giocatore che totalizza più punti viene nominato primo della classe e si diploma con il massimo dei voti.