L'Impero della Luna affronta molte minacce. La Fenditura si è riaperta, offrendo un passaggio alle creature che si celano nell'Ombra da millenni. Ma il pericolo arriva anche dall'interno poiché l'Imperatore, figlio della Luna, sta invecchiando e i suoi signori, un tempo leali, cercano ora di prendere il potere. Per fare ciò, si appellano ai guerrieri noti come ninja, adepti della via dello Shinobi. I clan sono finalmente pronti alla guerra!

Nei panni di un signore assetato di potere, in Shinobi WAT-AAH! hai intenzione di piazzare le tue nobili terga sul trono imperiale. Per riuscirci, farai appello ai grandi clan di ninja, che ti permetteranno di imporre la tua forza militare sui tuoi nemici. Per dirla semplicemente, il tuo obiettivo è dare un grande WAT-AAH! in faccia ai tuoi nemici!