In Potion Explosion 2nd Edition nemen spelers de rol aan van studenten die hun eindexamen van het jaar proberen te halen. Om dit te doen, maken ze toverdranken door knikkers uit de nieuwe plastic dispenser te halen. Deze stellen ingrediënten voor in de verschillende toverdrankrecepten. Wanneer een knikker wordt gepakt, glijden de rest naar beneden over de helling. Als twee knikkers van dezelfde kleur elkaar raken, vindt er een explosie plaats en kan de speler die knikkers ook pakken! Meer explosies betekenen meer knikkers en sneller toverdranken brouwen. Elke voltooide toverdrank verleent ook een speciale vaardigheid wanneer deze wordt opgedronken. Aan het einde van het spel wordt de speler met de meeste punten uitgeroepen tot hoofd van de klas en studeert af met de hoogste onderscheiding.