Gregor Mendel é o frade agostiniano do século XIX a quem é atribuída a descoberta da genética moderna. Em Genotype, assume o papel dos seus assistentes, competindo para recolher dados experimentais sobre plantas de ervilheira, tentando controlar a forma como as plantas herdam características-chave dos seus progenitores: forma da semente, cor da flor, cor do caule e altura da planta. As características observáveis de uma planta de ervilheira (o seu Fenótipo) são determinadas pela sua constituição genética (o seu Genótipo). A relação entre Genótipo e Fenótipo e a natureza da hereditariedade genética estão no centro de Genotype: A Mendelian Genetics Game.

Durante o jogo, os jogadores obtêm Cartas de Planta de Ervilheira que apresentam um conjunto de características fenotípicas que esperam produzir e recolher (como flores cor-de-rosa e altura elevada) para ganhar pontos. Em cada ronda, são lançados dados para representar o cruzamento das plantas, o que pode resultar nas características que os jogadores procuram